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MATLAB4

7. Conclusion[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] 7.1. Conclusion 물리학과 생물학이 융합된 생물물리학이라는 학문으로 DNA의 중요한 물리적 특성인 탄성에 대해 연구하였다. 본 연구에서는 다른 선행 연구와는 달리 염기조성에 따른 DNA의 탄성을 연구하였다. 또한 음파를 이용하는 간접적이거나 광집게를 이용하는 고가의 장비가 필요한 실험 설계를 필요로 하지 않는 분자동력학 시뮬레이션과 MATLAB을 이용하였다. 또한 기존연구들과는 달리 염기비율에 따른 탄성을 비교할 수 있었다. 정량적으로 분석하는 방법으로 Helix의 탄성계수에 관한 선행연구, 많은 논문에서 인용하는 Kratky-porod model(worm like chain model)를 참고하였으며 2중 나선구조인 DNA의 탄성계수를 구하기 위해 실험을 설계하였다. 염기조성에 따른 연구결과.. 2021. 11. 12.
6. Result[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] 6.1. Graph(MATLAB) The horizontal axis of the log omega graph means the torsion angle w_i, and the vertical axis means -ln(P(w_i)). The graph should appear in the form of a parabola, but the bending modulus, twisting modulus, and intrinsic torsional values ​could not be derived because fitting was not performed well with the parabola. Instead, it was analyzed through graph reformation, using tha.. 2021. 11. 12.
5. Research[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] 5.1. Modeling A previous study, 'Helix's Elasticity Study', shows that in order to form a coordinate system necessary for the calculation process, a two-dimensional figure must be created using atoms. The methods attempted in this study include a method to obtain elasticity by thinking of the template and auxiliary strands of DNA as individual helices, a method to create a two-dimensional figure.. 2021. 11. 11.
8. 부록(2)[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] MATLAB Code xyz = readdcd('C.dcd' , 1: 303); dcd 파일에서 프레임 번호마다 첫 번째 원자부터 마지막 303번째 원자까지의 x좌표, y좌표, z좌표를 xyz에 저장한다. atomlist = 5:10:305; xyz2 = readdcd('C.dcd,',atomlist); dcd 파일에서 프레임 번호마다 첫번째 alpha-Carbon 부터 마지막 alpha Carbon까지의 x좌표, y좌표, z좌표를 xyz2에 저장한다. alanin_x = xyz2(:, 1:3:end); alanin_y = xyz2(:, 2:3:end); alanin_z = xyz2(:, 3:3:end); xyz2에서 alpha Carbon 들의 x좌표, y좌표, z좌표를 각각 alanin_x, alan.. 2021. 11. 8.
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