반응형 TATA box12 Special transcription factors TATA box연구를 통해 DNA의 탄성도가 A, T 염기의 비율에 따른 유의미하게 변화한다고 주장하였는데요. 이러한 결과는 진핵세포의 전사조절 기전에 대한 이해와 함께 그 중요성을 인정받을 수 있다고 생각합니다. Transcription factors that regulate transcription include general transcription factors (GTFs) used for direct transcription and special transcription factors (STFs) that control the level of gene expression. As a mechanism that regulates transcription, in the interaction betwe.. 2022. 3. 9. Transcriptional regulation 2주일이 다되어가는데 개학을 해 바빠서 그랬는지 티스토리 포스팅을 거의 안했습니다ㅠㅠ 뭔가 블로그를 만들면서 생각했던 포부가 무너져가는 느낌이 들긴 합니다만... 계속 TATA box review를 해나가려고 합니다. 무언가 연구를 했으면 거기서 그치는 것이 아니라 꾸준히 발전시키는 것이 중요하다고 생각하기 때문입니다. 발전시켜 나가기 위해서는 무작정 깊이 파는 것이 아니라 기반지식을 넓혀서 다시 깊이 팔 수 있는 구멍을 찾는 것이 중요합니다. 마치 석유를 시추하기 전에 기반암조사를 하는 것처럼요. As research on JUNK DNA continues, sequences that control DNA expression are coming out, but many parts of DNA are s.. 2022. 3. 9. 10. Note 2[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] inp 파일은 원자들간의 퍼텐셜을 정의한 파일로 보통은 수정할 필요가 없음. 자신이 새로운 분자를 생성하고, 기존의 원자-원자간 퍼텐셜을 새롭게 정의할 필요가 있을 때는 수정을 해야됨. dna 의 경우 parameter 파일과 topology 파일에 na(nucleic acids) 가 들어가 있는 파일을 쓰면 됨. dna 를 protein data bank 에서 pdb로 가져와서 water box 에 넣고 시뮬레이션 하면 될 것 같다. namd로 simulation을 시도하였으나 계속 실패. conf파일을 수정하여 시도하였으나 마지막으로 수정하지 못한 파일의 오류는 parameter 파일인 것 같다. 에러메세지를 보면 angle parameter 가 없다는 것인데, 최신 파라미터 파일이 필요할지 모른다... 2021. 11. 12. 9. Note 1[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] Hydrogen atoms and bases were added to the PDB and PSF files made with autopsf to become normal DNA. When I ran namd in the command prompt window, nothing contained hydrogen atoms > there is no problem with the added hydrogen. The absence of an angle parameter means that there are no constants for the equilibrium angle for the particular three atoms, and the energy equation for the angle. Error .. 2021. 11. 12. 7. Conclusion[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] 7.1. Conclusion 물리학과 생물학이 융합된 생물물리학이라는 학문으로 DNA의 중요한 물리적 특성인 탄성에 대해 연구하였다. 본 연구에서는 다른 선행 연구와는 달리 염기조성에 따른 DNA의 탄성을 연구하였다. 또한 음파를 이용하는 간접적이거나 광집게를 이용하는 고가의 장비가 필요한 실험 설계를 필요로 하지 않는 분자동력학 시뮬레이션과 MATLAB을 이용하였다. 또한 기존연구들과는 달리 염기비율에 따른 탄성을 비교할 수 있었다. 정량적으로 분석하는 방법으로 Helix의 탄성계수에 관한 선행연구, 많은 논문에서 인용하는 Kratky-porod model(worm like chain model)를 참고하였으며 2중 나선구조인 DNA의 탄성계수를 구하기 위해 실험을 설계하였다. 염기조성에 따른 연구결과.. 2021. 11. 12. 6. Result[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] 6.1. Graph(MATLAB) The horizontal axis of the log omega graph means the torsion angle w_i, and the vertical axis means -ln(P(w_i)). The graph should appear in the form of a parabola, but the bending modulus, twisting modulus, and intrinsic torsional values could not be derived because fitting was not performed well with the parabola. Instead, it was analyzed through graph reformation, using tha.. 2021. 11. 12. 이전 1 2 다음 반응형
