반응형 HELIX5 9. Presentation[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 2021. 11. 8. 5. Conclusion[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 5.1. 요약 및 정리 본 연구에서는 VMD, NAMD 및 PuTTY 등의 프로그램을 이용하여 단백질의 나선 구조(helix)에 대한 연구를 수행하였다. 우리는 단백질 2차 구조의 종류별로 alpha-helix, pi-helix, 3_10-helix로 나누어서 각각의 helix에 대하여 연구를 진행 하였으며 NAMD를 통해 Waterbox라는 field 내에서 각각의 helix가 변화 할 때의 휘어짐 정도와 탄성 계수(bending-modulus)를 관찰하여 비교하였다. 본 연구 팀은 아미노산의 종류 중 알라닌(alalnin)으로만 이루어진 alpha-helix, pi-helix에 관해 연구를 진행하였는데, 알라닌으로만 구성된 alpha-hellix, pi-helix가 Waterbox 안에서 영향을 받을.. 2021. 11. 3. 4. Result[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 4.1. Graph Case 1(alpha-helix) Case 2(alpha-helix) Case 3(alpha-helix) Case 4(alpha-helix) Case 5(pi-helix) 4.2. Table alpha_1 alpha_2 alpha_3 omega_01 omega_02 omega_03 Case 1 647.5687953 680.6992068 52.98290197 -0.003612644 -0.00700033 -0.150522647 Case 2 355.7032145 310.6590218 14.61982475 -0.016799677 -0.003928091 -0.167903695 Case 3 663.193241 593.4287116 97.53139377 0.000214717 -0.01230642.. 2021. 11. 3. 3. Research method[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 나선 구조(helix)를 하나의 탄성 있는 막대로 생각한다. 임의의 여러 나선 구조(helix)를 만든 다음 탄성 계수(bending-modulus) 및 시간별 비틀림도(torsion)를 MATLAB을 이용하여 계산한다. 3.1. 물리적 모델링 나선 구조(helix)의 구조는 오른쪽 그림과 같다. 이때 NAMD를 이용하여 나선 구조(helix) 위에 있는 알파 탄소(alpha-carbon)들의 좌표 값(위치)을 얻을 수 있다. 이렇게 나타내어진 탄소 중 연속된 세 개의 탄소들을 연결하였을 때 나타내어지는 모형을 슬라이스(slice)고 한다. 임의의 슬라이스는 삼각형을 이루고, alpha-carbon의 좌표 값이 슬라이스의 꼭짓점이 된다. 탄소의 좌표 값을 사용하여 각 슬라이스의 질량 중심을 구할 수 있게.. 2021. 11. 3. 0. Summary[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] Team member Son Hye-Kang. Kim Myung-mo. Jang Su-min. Park Seokjin Advisor Choi Seung-ho 0.1. Summary 3차원 단백질을 이루고 있는 대표적인 기본 구조인 alpha-helix 와 이의 변형인 pi-helix가 생명현상에 어떻게 관여하는지를 이해하기 위해서 우선 이들의 물리적 성질을 파악할 필요가 있다. 물리적 성질 중 탄성과 관련된 지속 길이(persistence-length)또는 탄성 계수(bending-modulus)를 분자동력학을 이용하여 구하는 것이 본 연구의 목적이다. 이를 위해 본 연구는 alpha-helix와 pi-helix를 사용해 영률과 관성모멘트 및 지속 길이(persistence length) 측정을 통해 단.. 2021. 10. 28. 이전 1 다음 반응형
