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NAMD11

7. 부록(1)[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] dcd function function h = read_dcdheader(filename) % new_handle = read_dcdheader(filename) fid = fopen(filename, 'r', 'b'); i = fread(fid, 1, 'int32'); if i ~= 84 % wrong endianism; try again fclose(fid); fid = fopen(filename, 'r', 'l'); i = fread(fid, 1, 'int32'); if i ~= 84 fclose(fid); end end h.fid = fid; % % Figure out how big the file is % fseek(fid,0,1); h.endoffile = ftell(fid); fseek(fi.. 2021. 11. 3.
5. Conclusion[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 5.1. 요약 및 정리 본 연구에서는 VMD, NAMD 및 PuTTY 등의 프로그램을 이용하여 단백질의 나선 구조(helix)에 대한 연구를 수행하였다. 우리는 단백질 2차 구조의 종류별로 alpha-helix, pi-helix, 3_10-helix로 나누어서 각각의 helix에 대하여 연구를 진행 하였으며 NAMD를 통해 Waterbox라는 field 내에서 각각의 helix가 변화 할 때의 휘어짐 정도와 탄성 계수(bending-modulus)를 관찰하여 비교하였다. 본 연구 팀은 아미노산의 종류 중 알라닌(alalnin)으로만 이루어진 alpha-helix, pi-helix에 관해 연구를 진행하였는데, 알라닌으로만 구성된 alpha-hellix, pi-helix가 Waterbox 안에서 영향을 받을.. 2021. 11. 3.
4. Result[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 4.1. Graph Case 1(alpha-helix) Case 2(alpha-helix) Case 3(alpha-helix) Case 4(alpha-helix) Case 5(pi-helix) 4.2. Table alpha_1 alpha_2 alpha_3 omega_01 omega_02 omega_03 Case 1 647.5687953 680.6992068 52.98290197 -0.003612644 -0.00700033 -0.150522647 Case 2 355.7032145 310.6590218 14.61982475 -0.016799677 -0.003928091 -0.167903695 Case 3 663.193241 593.4287116 97.53139377 0.000214717 -0.01230642.. 2021. 11. 3.
3. Research method[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 나선 구조(helix)를 하나의 탄성 있는 막대로 생각한다. 임의의 여러 나선 구조(helix)를 만든 다음 탄성 계수(bending-modulus) 및 시간별 비틀림도(torsion)를 MATLAB을 이용하여 계산한다. 3.1. 물리적 모델링 나선 구조(helix)의 구조는 오른쪽 그림과 같다. 이때 NAMD를 이용하여 나선 구조(helix) 위에 있는 알파 탄소(alpha-carbon)들의 좌표 값(위치)을 얻을 수 있다. 이렇게 나타내어진 탄소 중 연속된 세 개의 탄소들을 연결하였을 때 나타내어지는 모형을 슬라이스(slice)고 한다. 임의의 슬라이스는 삼각형을 이루고, alpha-carbon의 좌표 값이 슬라이스의 꼭짓점이 된다. 탄소의 좌표 값을 사용하여 각 슬라이스의 질량 중심을 구할 수 있게.. 2021. 11. 3.
2. Background[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 2.1. Biophysics It is an attempt to understand the essence of life phenomena from the point of view of physical laws or matter by expanding and applying various methods of advanced physics to living things. For example, it is important to interpret how the action of an organism is made in view of the properties of the molecules or atoms that make up it. In order to understand this, the methods o.. 2021. 10. 28.
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