반응형 Project/Molecular dynamics and Biology28 3. Research method[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 나선 구조(helix)를 하나의 탄성 있는 막대로 생각한다. 임의의 여러 나선 구조(helix)를 만든 다음 탄성 계수(bending-modulus) 및 시간별 비틀림도(torsion)를 MATLAB을 이용하여 계산한다. 3.1. 물리적 모델링 나선 구조(helix)의 구조는 오른쪽 그림과 같다. 이때 NAMD를 이용하여 나선 구조(helix) 위에 있는 알파 탄소(alpha-carbon)들의 좌표 값(위치)을 얻을 수 있다. 이렇게 나타내어진 탄소 중 연속된 세 개의 탄소들을 연결하였을 때 나타내어지는 모형을 슬라이스(slice)고 한다. 임의의 슬라이스는 삼각형을 이루고, alpha-carbon의 좌표 값이 슬라이스의 꼭짓점이 된다. 탄소의 좌표 값을 사용하여 각 슬라이스의 질량 중심을 구할 수 있게.. 2021. 11. 3. 2. Background[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 2.1. Biophysics It is an attempt to understand the essence of life phenomena from the point of view of physical laws or matter by expanding and applying various methods of advanced physics to living things. For example, it is important to interpret how the action of an organism is made in view of the properties of the molecules or atoms that make up it. In order to understand this, the methods o.. 2021. 10. 28. 1. Introduction[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] Vitruvian Man or Canon of Proportions is a 1485 work by Leonardo da Vinci. It is said that when Da Vinci painted this picture, he did not accept the ancient theory of human proportions as it is, but actually took a person and wrote down the measurement results while holding a ruler. As such, human beings have been conducting research on life from a long time ago using mathematics and physics wit.. 2021. 10. 28. 0. Summary[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] Team member Son Hye-Kang. Kim Myung-mo. Jang Su-min. Park Seokjin Advisor Choi Seung-ho 0.1. Summary 3차원 단백질을 이루고 있는 대표적인 기본 구조인 alpha-helix 와 이의 변형인 pi-helix가 생명현상에 어떻게 관여하는지를 이해하기 위해서 우선 이들의 물리적 성질을 파악할 필요가 있다. 물리적 성질 중 탄성과 관련된 지속 길이(persistence-length)또는 탄성 계수(bending-modulus)를 분자동력학을 이용하여 구하는 것이 본 연구의 목적이다. 이를 위해 본 연구는 alpha-helix와 pi-helix를 사용해 영률과 관성모멘트 및 지속 길이(persistence length) 측정을 통해 단.. 2021. 10. 28. 이전 1 2 3 4 5 다음 반응형
