반응형 Project/Molecular dynamics and Biology28 11. Note 3[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] 2021. 11. 12. 10. Note 2[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] inp 파일은 원자들간의 퍼텐셜을 정의한 파일로 보통은 수정할 필요가 없음. 자신이 새로운 분자를 생성하고, 기존의 원자-원자간 퍼텐셜을 새롭게 정의할 필요가 있을 때는 수정을 해야됨. dna 의 경우 parameter 파일과 topology 파일에 na(nucleic acids) 가 들어가 있는 파일을 쓰면 됨. dna 를 protein data bank 에서 pdb로 가져와서 water box 에 넣고 시뮬레이션 하면 될 것 같다. namd로 simulation을 시도하였으나 계속 실패. conf파일을 수정하여 시도하였으나 마지막으로 수정하지 못한 파일의 오류는 parameter 파일인 것 같다. 에러메세지를 보면 angle parameter 가 없다는 것인데, 최신 파라미터 파일이 필요할지 모른다... 2021. 11. 12. 9. Note 1[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] Hydrogen atoms and bases were added to the PDB and PSF files made with autopsf to become normal DNA. When I ran namd in the command prompt window, nothing contained hydrogen atoms > there is no problem with the added hydrogen. The absence of an angle parameter means that there are no constants for the equilibrium angle for the particular three atoms, and the energy equation for the angle. Error .. 2021. 11. 12. 8. Reference[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] Reference [1] NAMD User's Guide Version CVS-2016-09-08, M.Bhandarkar외 공저 [2] Seungho Choe and Sean X.Sun, “The elasticity of alpha-helices”, The Journal of Chemical Physics(2005)7 [3] VMD User’s Guide, NIH Biomedical Research Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, December 23, 2014 [4] 여영구, “쉽게배우는 MATLAB 입문과 활용 3판”, 아진, 2014 [5] 국가나노기술정책센터(나노물질 시뮬레이션기술) [6] 구조 생물 정보학 연구 협동 조합(RCS.. 2021. 11. 12. 7. Conclusion[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] 7.1. Conclusion 물리학과 생물학이 융합된 생물물리학이라는 학문으로 DNA의 중요한 물리적 특성인 탄성에 대해 연구하였다. 본 연구에서는 다른 선행 연구와는 달리 염기조성에 따른 DNA의 탄성을 연구하였다. 또한 음파를 이용하는 간접적이거나 광집게를 이용하는 고가의 장비가 필요한 실험 설계를 필요로 하지 않는 분자동력학 시뮬레이션과 MATLAB을 이용하였다. 또한 기존연구들과는 달리 염기비율에 따른 탄성을 비교할 수 있었다. 정량적으로 분석하는 방법으로 Helix의 탄성계수에 관한 선행연구, 많은 논문에서 인용하는 Kratky-porod model(worm like chain model)를 참고하였으며 2중 나선구조인 DNA의 탄성계수를 구하기 위해 실험을 설계하였다. 염기조성에 따른 연구결과.. 2021. 11. 12. 6. Result[Characteristics study of TATA box through comparison of elastic modulus according to DNA sequence] 6.1. Graph(MATLAB) The horizontal axis of the log omega graph means the torsion angle w_i, and the vertical axis means -ln(P(w_i)). The graph should appear in the form of a parabola, but the bending modulus, twisting modulus, and intrinsic torsional values could not be derived because fitting was not performed well with the parabola. Instead, it was analyzed through graph reformation, using tha.. 2021. 11. 12. 이전 1 2 3 4 5 다음 반응형
