8. 부록(2)[The elasticity of alpha-helix, pi-helix]
MATLAB Code xyz = readdcd('C.dcd' , 1: 303); dcd 파일에서 프레임 번호마다 첫 번째 원자부터 마지막 303번째 원자까지의 x좌표, y좌표, z좌표를 xyz에 저장한다. atomlist = 5:10:305; xyz2 = readdcd('C.dcd,',atomlist); dcd 파일에서 프레임 번호마다 첫번째 alpha-Carbon 부터 마지막 alpha Carbon까지의 x좌표, y좌표, z좌표를 xyz2에 저장한다. alanin_x = xyz2(:, 1:3:end); alanin_y = xyz2(:, 2:3:end); alanin_z = xyz2(:, 3:3:end); xyz2에서 alpha Carbon 들의 x좌표, y좌표, z좌표를 각각 alanin_x, alan..
2021. 11. 8.
7. 부록(1)[The elasticity of alpha-helix, pi-helix]
dcd function function h = read_dcdheader(filename) % new_handle = read_dcdheader(filename) fid = fopen(filename, 'r', 'b'); i = fread(fid, 1, 'int32'); if i ~= 84 % wrong endianism; try again fclose(fid); fid = fopen(filename, 'r', 'l'); i = fread(fid, 1, 'int32'); if i ~= 84 fclose(fid); end end h.fid = fid; % % Figure out how big the file is % fseek(fid,0,1); h.endoffile = ftell(fid); fseek(fi..
2021. 11. 3.
6. Reference[The elasticity of alpha-helix, pi-helix]
Reference [1] Seungho Choe and Sean X.Sun, “The elasticity of alpha-helices”, The Journal of Chemical Physics(2005) [2] VMD User’s Guide, NIH Biomedical Research Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, December 23, 2014 [3] NAMD User’s Guide, Theoretical Biophysics Group, Setember 8, 2016 [4] 여영구, “쉽게배우는 MATLAB 입문과 활용 3판”, 아진, 2014 [5]http://bio.libretexts.org/Core/Biochemistry_On..
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