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Project118

7. 부록(1)[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] dcd function function h = read_dcdheader(filename) % new_handle = read_dcdheader(filename) fid = fopen(filename, 'r', 'b'); i = fread(fid, 1, 'int32'); if i ~= 84 % wrong endianism; try again fclose(fid); fid = fopen(filename, 'r', 'l'); i = fread(fid, 1, 'int32'); if i ~= 84 fclose(fid); end end h.fid = fid; % % Figure out how big the file is % fseek(fid,0,1); h.endoffile = ftell(fid); fseek(fi.. 2021. 11. 3.
6. Reference[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] Reference [1] Seungho Choe and Sean X.Sun, “The elasticity of alpha-helices”, The Journal of Chemical Physics(2005) [2] VMD User’s Guide, NIH Biomedical Research Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, December 23, 2014 [3] NAMD User’s Guide, Theoretical Biophysics Group, Setember 8, 2016 [4] 여영구, “쉽게배우는 MATLAB 입문과 활용 3판”, 아진, 2014 [5]http://bio.libretexts.org/Core/Biochemistry_On.. 2021. 11. 3.
5. Conclusion[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 5.1. 요약 및 정리 본 연구에서는 VMD, NAMD 및 PuTTY 등의 프로그램을 이용하여 단백질의 나선 구조(helix)에 대한 연구를 수행하였다. 우리는 단백질 2차 구조의 종류별로 alpha-helix, pi-helix, 3_10-helix로 나누어서 각각의 helix에 대하여 연구를 진행 하였으며 NAMD를 통해 Waterbox라는 field 내에서 각각의 helix가 변화 할 때의 휘어짐 정도와 탄성 계수(bending-modulus)를 관찰하여 비교하였다. 본 연구 팀은 아미노산의 종류 중 알라닌(alalnin)으로만 이루어진 alpha-helix, pi-helix에 관해 연구를 진행하였는데, 알라닌으로만 구성된 alpha-hellix, pi-helix가 Waterbox 안에서 영향을 받을.. 2021. 11. 3.
4. Result[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 4.1. Graph Case 1(alpha-helix) Case 2(alpha-helix) Case 3(alpha-helix) Case 4(alpha-helix) Case 5(pi-helix) 4.2. Table alpha_1 alpha_2 alpha_3 omega_01 omega_02 omega_03 Case 1 647.5687953 680.6992068 52.98290197 -0.003612644 -0.00700033 -0.150522647 Case 2 355.7032145 310.6590218 14.61982475 -0.016799677 -0.003928091 -0.167903695 Case 3 663.193241 593.4287116 97.53139377 0.000214717 -0.01230642.. 2021. 11. 3.
3. Research method[The elasticity of alpha-helix, pi-helix] 나선 구조(helix)를 하나의 탄성 있는 막대로 생각한다. 임의의 여러 나선 구조(helix)를 만든 다음 탄성 계수(bending-modulus) 및 시간별 비틀림도(torsion)를 MATLAB을 이용하여 계산한다. 3.1. 물리적 모델링 나선 구조(helix)의 구조는 오른쪽 그림과 같다. 이때 NAMD를 이용하여 나선 구조(helix) 위에 있는 알파 탄소(alpha-carbon)들의 좌표 값(위치)을 얻을 수 있다. 이렇게 나타내어진 탄소 중 연속된 세 개의 탄소들을 연결하였을 때 나타내어지는 모형을 슬라이스(slice)고 한다. 임의의 슬라이스는 삼각형을 이루고, alpha-carbon의 좌표 값이 슬라이스의 꼭짓점이 된다. 탄소의 좌표 값을 사용하여 각 슬라이스의 질량 중심을 구할 수 있게.. 2021. 11. 3.
7. 발표_사이버 공간에 대한 국제법의 적용 – Tallinn Manual을 중심으로[국제법] 안녕하십니까? 저는 사이버 공간에 대한 국제법의 적용을 탈린메뉴얼을 중심으로 발표할 손혜강입니다. 시작하기 앞서 저는 여러분께 책 한권을 소개하고 시작할까 하는데요. 이 책은 나토의 사이버방위협력 전문센터를 중심으로 발간한 탈린메뉴얼을 국가정보원, 국가보안기술연구소가 한국어판으로 내놓은 책입니다. 제가 보고서를 쓰면서 많이 참고한 책이고 조약과 관습에 의한 국제법의 법원에 관한 국제법 전문도서라는 점에서 여러분께도 많은 도움이 될 수 있을 것이라 생각하여 소개하게 되었습니다. 그러면 지금부터 발표를 시작하겠습니다. 저는 먼저 탈린메뉴얼이 무엇이고, 어떠한 내용이 담겨있는지 소개하고 이를 실제로 어떻게 적용할 수 있는지 논의를 거쳐 발전방향에 대해 언급하면서 마무리 할 것입니다. 탈린메뉴얼은 사이버 공간에.. 2021. 10. 30.
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